母乳喂养引起腹泻，可能是母乳中的前列腺素含量较高，该物质促进小肠平滑肌运动，增加水和电解质的分泌而产生稀便。也可能是小儿对乳糖不耐受，体内缺乏乳糖酶。乳糖不耐受分原发性和继发性两类，可用醋酸铅法测定患儿粪便中乳糖量以初筛，再用去乳糖饮食后迅速见效来证实。出现所谓生理性母乳性腹泻时不要为了大便成形而改喂牛奶。婴儿机体会逐渐适应母乳中的前列腺素，乳糖酶亦会逐渐发育成熟，酶活性增加，就能分解、消化和吸收乳糖，并随着增加辅食逐渐好转。